Dal punto di vista degli svantaggi, invece, si possono riportare:

• i panni sporchi non si lavano in pubblico. Se un wiki permette di condividere la memoria, può darsi che ci siano passaggi del passato che non si vorrebbe rendere pubblici
• può generarsi confusione. Un wiki non rappresenta la panacea organizzativa e ci sono alcune operazioni di mantenimento che vanno eseguite pena l'inusabilità del sistema. Occorre essere rigidi con le scelte stilistiche e sintattiche e pretendere che tutti i partecipanti le rispettino rigorosamente
• occorre supervisionare le operazioni di editing degli utenti onde evitare che si scatenino battaglie sulla modifica di singoli contenuti
• alcuni wiki possono non essere indicati per utenti non tecnici: occorre che i vari utenti possiedano (o vengano messe in condizione di apprendere) il linguaggio di markup per le operazioni di editing